HER2基因检测的探针基本上同时含有HER2基因（标记为橘红色荧光）和该基因所在的17号染色体着丝粒（标记绿色荧光）序列的混合探针。
1、质量控制：使用上述混合探针。杂交的组织、细胞中有75%的细胞核显示出双色信号时，视为试验成功。且红、绿信号互为对照，癌与非癌细胞互为对照。
2、结果判读标准：（1）红色信号的总数与绿色信号的总数比值≥2时，为HER2基因扩增，否则为无扩增；（2）若红、绿两信号的比值＞20或众多信号连接成簇时可不计算，即视为基因扩增；（3）若比值介于1.8-2.2之间，则需要再计算20个细胞核中的信号或由另外一个分析者重新计数。如仍为临界值，则在检测报告中注明；（4）若HER2基因扩增在不同癌细胞中存在异质性时，应在另一癌区域再计算20-30个癌细胞核中的红、绿信号值，报告其最大值，并加以注释。
3、17号染色体数目和意义：大约有47%的乳腺癌存在17号染色体非整体性，即17号染色体不是正常二体，而是单体或多体。